政府為鼓勵中小企業創新、研發、轉型及永續經營，提供相當多元的各項補助方式，透過符合資格的中小企業主動申請，審核通過後由政府直接補助經費，各部會皆有相關的補助辦法，其中以經濟部中小企業處為最主要的補助機關，依據經濟部中小企業處統計110年度對縣市政府、民間團體及個人補（捐）助經費超過新台幣28億元，另外「小型企業創新研發計畫（SBIR）」今年(110年)亦提供17項中小企業所提創新技術/服務研發計畫之研發經費部份補助，自1999年2月開始推動至今，累計通過執行8,484件創新研發計畫，政府補助金額逾128億9,795.1萬元，並帶動中小企業投入研發經費近237億2,517萬元，對於提高中小企業技術水準、提升產業競爭力、以及傳統產業的升級轉型，有相當之助益。
目前中央及地方政府各單位每年皆有編列預算提供創業或是中小企業申請補助、補貼等，其中中央機關包括：經濟部、科技部、文化部、國發會為大宗，其次原民會、客委會、農委會等亦有針對不同族群的中小企業提供貸款補貼的政策，而各地方政府也有提供不同程度的補助、補貼方案，可以說是玲瑯滿目、五花八門，該如何彰顯本身企業的優勢並選擇最適合自己需求的方案，需要大家花點心思或尋求專業顧問的協助。
建議有興趣申請政府補助的中小企業主們，可以先查看經濟部中小企業處的網站https://sme.moeasmea.gov.tw，裡面已經幫忙匯整了經濟部管轄範圍內的相關補助、補貼方案，可作為各位初步了解的入門管道，當然各地方政府像是台北市政府(http://www.story.taipei/)、新北市政府或是基隆市政府(https://www.keelungyouth.com)等，也都有提供各種補助申請方案的網站，可以幫助企業主更簡單快速的找到適合自己的補助方案。
申請各類型的政府補助計畫大多需準備申請書件，除了申請書以外，最重要的是需要準備營運計畫書或是投資計畫書，以經濟部的「SBIR經濟部小型企業創新研發計畫」為例，共分為兩個階段，第一階段為構想的審查，主要為審查主題特色：
1.具技術領先優勢之解決方案。
2.具完善專利佈局或技術認驗證優勢
3.具核心關鍵模組提供者功能。
以及市場/能力：
1.研發結果是否具市場潛力(符合需求)。
2.預期成果是否具未來商機(商業價值)。
3.主導公司是否具科際/跨域整合能力。
4.研發聯盟組成是否合理且具綜效。
第二階段為計畫審查，審查項目包括：
1.整合性研發動機。
2.技術創新性、可行性與競爭力。
3.研發團隊實績與執行能力。
4.實施方法、時程、計畫可行性。
5.關鍵技術及智財引進與轉委託研究。
6.人力、經費、使用設備等投入資源合適性。
7.聯盟成員分工協議與權利義務是否明確。
8.預期成果與產業效益（是否具合作綜效）。
9.建議補助額度與權益。
一般企業主們對本身的專業能力與公司優勢都非常清楚也能完全掌握，但要準備相關的申請書件則顯得相當困難及不易，依不同的補助方案，需要撰寫不同的計畫書，建議可以尋找專業有經驗的顧問公司協助撰寫，更能增加計畫通過的把握。